（一）荷蘭人入台以前（〜1624）
阿蓮鄉在荷蘭人入台以前是平埔族人聚居的所在。而在更早以前，東邊的大崗山上則有史前人類「大崗山人」的出現，根據化石收藏家王良傑所發現的人頭蓋骨及牙齒化石顯示，在距今5萬至20萬年前，阿蓮地區已有人類的活動。
根據簡炯仁的研究，荷蘭人入台以前，阿蓮即屬於荷蘭人口中的「搭加里揚」，而大崗山就是所謂的「桌山」。石萬壽的研究則指出，在漢人未來台開墾以前，大崗山以西的平原地區（內含阿蓮）為平埔族塔樓系大傑巔社的生活空間。平埔族人在當時不受外力的干擾下，過著與世無爭的生活，他們在大崗山山腳下的平原，以竹木搭建居住的房屋，過著游耕游獵的生活，山腳下的平原地雖然肥沃，但他們亦不大耕種，只少量播種米穀和小米，由於是粗放式的農耕，所以其所收穫者，大多為自然之產物，此時的大崗山只是原住民的獵場，尚無人為的農墾痕跡，故呈現比較原始的風貌。
鳳山縣志載：「明宣德間，太監王三保舟遇風經此。」
臺灣府志亦載：「相傳明太監王三保植薑岡山上，至今尚有產者。」
臺灣通史又載：「鳳山有三寶薑，居民食之疾療，云為鄭和所遺。則和入臺且至內地，或謂在大岡山也。」若此傳說屬實，則阿蓮的開發可能從明代荷蘭人未入台以前就已開始。
（二）荷、鄭時期（1624~1683）
西元1624年，荷蘭人佔領南臺灣之後，因其經濟利益的考量，即大力的引入漢人來臺開墾，在1630年代，荷蘭人甚至派船至福建一帶載運漢人來臺開墾，甚至有著「三金一牛」的傳說，因此一時之間，大批的漢人湧入南臺灣，這些漢人所開墾的地方被劃為12個墾區。在1654-1656年間，荷蘭人增加4個墾區，其中Vaersche R.以南的墾區即位於阿蓮境內。
陳文達«鳳山縣志»卷二<規制志•水利>文中提到一口灌溉埤圳：
「王田陂 在嘉祥里茄冬腳。注雨水以灌田。偽時所築。」 此陂位於今高雄縣阿蓮鄉崗山村境內，就在大崗山西面的山腳下，根據吳進喜引黃叔璥<赤崁筆談>的推論，此陂應在荷據時期即已建築。故荷據時期已有漢人聚居在阿蓮，築陂塘引水灌溉耕作。由於漢人的進入，大崗山以西平原上的平埔族人（含阿蓮地區）便沿著大崗山的山腳，經由大小崗山間的隙口進入燕巢，在尖山形成「尖山社」，之後再往深水、嶺口方面行進，最後退入旗山、內門一帶。
西元1683年鄭成功繼荷蘭人來到臺灣，在台灣設一府二縣，阿蓮則屬於萬年縣。在臺灣建立反清復明的鄭成功，為求軍備實力的發展，在臺灣積極的拓墾，以達到足兵足食的目的，因此大批的漢移民紛紛移入臺灣，這時漢人的開墾已來到了崗山頭。鄭氏在 «鳳山縣志»卷二<規制志•水利>中：
「大陂 在嘉祥里。注雨水以灌田。偽時所築。」
簡炯仁認為「大陂」位於大崗山以西同為嘉祥里的阿蓮鄉或岡山鎮境內。 吳進喜也推論：大陂應位於大崗山西北側山麓之阿蓮鄉峰山村境內，其陂之水向下注約一公里後入嘉棠腳圳，所以是王田陂上游之來水。筆者認為今崗山頭有一地名「大埤」，「陂」與「埤」音義相同，故「大陂」圳應在今阿蓮鄉峰山村之大埤所在。
又伊能嘉矩在«臺灣文化志»記載著：「鄭氏時，……嘉祥里為後之嘉祥外里（東界之大崗山形勝即似早已有留漢民足跡。）」在«大日本辭書‧臺灣»也記載著：
「明末鄭氏設立嘉祥里，清領之初沿襲該名，以大、小崗山為限。以後，漢人拓墾該山脈以東一帶的地方，並以該山脈中線劃分，西部為外里；東部為內里。而且外里之內的土庫庄、前鋒仔庄、九鬮庄、五甲尾庄、田厝庄、潭底庄、拕仔庄 等庄屬於鄭氏開屯的地方；中路庄、石案潭庄、崙仔頂庄、阿嗹庄、岡山營庄等，為康熙末年到乾隆年間，楊姓的墾首分給多數佃農拓墾。康熙末年漢族足跡已經達到外里，直到乾隆年間才開發成功。」
綜而言之，現今阿蓮鄉的中路（中路庄）、石安（石案潭庄）、港後（崙仔頂庄）、阿蓮（阿嗹庄）、復安（九鬮庄）、崗山（岡山營庄）等，在明鄭時皆已陸續開墾完成，成為漢人聚居的部落。
（三）清領時期（1683~1895）
康熙22年（1683）臺灣被納入清朝的版圖，設一府三縣，阿蓮屬於鳳山縣嘉祥外里。
清朝之攻佔臺灣，並非喜愛臺灣、想要經營臺灣，而是為了剷除明鄭的反對勢力，因此領臺後之初，即將明鄭時代來臺的軍民遣回原籍，同時還頒布了三條渡臺禁令，一時之間，臺灣地區的人口銳減，而且有部分的明鄭遺民，為躲避政治迫害和兵燹戰亂越過大崗山來到後山（田寮）開荒耕樵，也有一些漢人為生活所逼迫或因觸犯法科而避居於此，因此在清領初期，整個鳳山縣（含阿蓮）是「延袤荒野，無市廛」，«台灣府志»有段記載：
「然統台郡三邑人民計之，共一萬六千餘丁，不及內地一小邑之戶口；又男多女少，匹夫猝難得婦，生齒豈能日繁？地廣人稀，蕭條滿眼，蕞爾郡治之外，南北兩路，一望盡綠草黃沙，綿邈無際。故郭外之鄉不曰鄉，而總名之曰『草地』。荒村煙火，于叢草中見之，草地之民所居之屋，皆誅茅編竹為之，無木梁瓦蓋，經年即壞。」
由此內容可知，清康熙24年（1685）以前，阿蓮地區居住的人口還不是很多。
然而當時閩粵地區的居民，迫於當地生活的困難，又被「臺灣錢淹腳目」、「臺灣好趁吃」的意象所吸引，還是有成千上萬的漢人冒著生命危險渡過「黑水溝」來到臺灣開墾。地方官員為了地方的繁榮與稅收的穩定，對於這些冒險渡洋來臺的漢移民，非但不加禁止和稽查，甚至還主動招徠，因此在康熙24年（1685）以後，鳳山縣開墾的土地快速增加，此時所開墾的土地也不再限於臺灣西部的平原地區，帶著積極拓墾企圖心的漢人，開始進入內山丘陵發展，所以連大崗山以東丘陵惡地區內的河谷平原，也開始有漢人開墾。
到了清雍正年間，來臺的漢人已不少，在雍正5-12年（1727-1734）間的«雍正臺灣輿圖»中，可以看到大崗山腳下的阿蓮已形成不少個聚落，現分述如下：
崗山頭－今阿蓮鄉峰山村。
青旂甲－今阿蓮鄉青旗村。
石晏潭－今阿蓮鄉石安村。
中路頭－今阿蓮鄉中路村。
阿嗹庄－今阿蓮鄉阿蓮、清蓮、和蓮村。
公館－吳進喜認為此地不詳，但筆者根據地圖猜測應為今阿蓮鄉崗山村。
港仔墘－今阿蓮鄉港後村。
加苳腳－今稱為崗仔腳，屬阿蓮鄉崗山村。
六甲尾－今阿蓮鄉港後村。
土庫社－今阿蓮鄉復安村。
此外，在乾隆21-24年（1756-1759）繪製的«乾隆輿圖»中，在大崗山的前山可看到由守營左軍撥派的崗山頭汛和崗山腰汛，還有一個聚落「營盤」（即今阿蓮鄉崗山村岡山營），可知到了乾隆時期，大崗山已成為重要的軍事重地。
到了乾隆29年（1764），來臺開墾的漢人持續增加，不論是在大崗山或後山皆已形成一些聚落，王瑛曾在«重修鳳山縣志»中就提到：趨西南十里許為大岡山，又南為小岡山（二山對峙，若斷若聯，勢相迴抱，四圍皆田園廬舍）。
而到了光緒20年（1894）盧德嘉總纂的«鳳山縣采訪冊»卷一<地輿‧疆域>中所列嘉祥里的聚落可看出，阿蓮地區的聚落已非常多，共有：
阿嗹庄（今阿蓮、和蓮、清蓮、南蓮村）、石燕潭（今石安村）、中路庄（今中路村）、青旂甲（今青旗村）、崙仔頂（今併港後村）、窰仔甲（今併中路村）、六甲尾（今併港後村）、中甲莊（今併港後村）、陴仔尾（今崗山村）、新廍莊（今併復安村）、港仔後（今港後村）、塗庫庄（今併復安村）、嘉棠腳（今併崗山村）、崗山營（今崗山村）、九鬮莊（今復安村）、瓦窰仔（今併復安村）、那拔林（今玉庫村）、港仔後（今港後村）、倉官莊（今併阿蓮村）、瓦廍莊（今併阿蓮村）。
可見到了清末，阿蓮地區已是多數漢人聚居的已開發地了。
（四）日治時期（1895~1945）
光緒21年（1895）3月23日，臺灣因馬關條約割讓給日本，日本治台以後，並未以政治勢力對本地的聚落發展加以干預，當時總督府將台北、台灣、台南三府改為三縣，縣下設支廳，此時阿蓮地區隸屬於台南縣鳳山支廳阿公店辦務署，名為阿嗹區役場，轄下有阿嗹、倉官、瓦廍、青旂甲、石燕潭、中路、窰仔甲、崙仔頂、港仔後、北仔寮等十庄。
到了明治30年（1897），日本殖民政府輯製二十萬分之一舊制地形圖，其中阿蓮鄉共有中路庄、瑤啞甲（即窰仔甲庄）、清旗甲庄（即青旗甲庄）、瓦廍、阿璉庄（即阿嗹庄）、崙仔頂庄、港仔後庄、茄苳庄（即嘉棠腳）、埤仔尾社、九鬮庄、拔仔林庄、甘庶頭（應為甘蔗頭或岡山頭）及大崗山13個聚落。
昭和3年（1928）日本殖民政府又測繪二萬五千分之一的實測地形，阿蓮地區的聚落則有中路、石案潭、青旗甲、後寮仔、崙子頂、阿蓮庄、岡山頭、埤仔尾、岡山營、新廍、港子後、中甲、九鬮、三塊厝、瓦瑤仔、土庫、拔子林等17個。由以上資料可知，阿蓮地區的土地開發及人口在日治時期是穩定的在成長。
日治時期是大崗山寺廟發展的一個很重要時期。當日本軍攻佔臺灣之後，官方在統治上首先要面對的是長期的武裝反抗。在最初的20年間，統治者與被統治者存在著相當程度的緊張性，為了要消除雙方的對立狀態，除了用強大的武力來鎮壓之外，在內政上也善用懷柔政策，而佛教信仰在此時也被當作統治工具的一部份來應用。儘管日本佛教大舉來台求發展，但最後都感教務拓展困難，道場維持不易，紛紛撤回日本。反而是臺灣本土的佛教在日據時期興盛發展，形成所謂的「四大門派」， 以超峰寺為首的大崗山派也是在這段時期發展完成。
臺灣傳統的佛教，過去只是中國的邊陲教區，主要來自閩南佛教的影響。此一佛教的信仰方式，是所謂禪、淨雙修，但正統的佛教道場不多，反而是在家佛教形態的齋堂佔了大部份。所謂在家佛教又稱之為「齋教」，這是不用剃度、不用出家，只在家持齋修行的民間教派，這種的佛教信仰狀態，一方面和民間信仰相當接近，民眾不會有太大的排斥感，因此在日據時期，在家的佛教的勢力龐大，日本佛教在台灣建立新佛教據點時，不得不以彼等為交涉對象，大崗山上的靜修寺、福全堂就是屬於日據時期齋教系統的道場。
（五）國民政府時期（1945~）
昭和20年（1945）日本無條件投降，臺灣由國民政府接管。在民國35年（1946）高雄縣政府成立，阿蓮成為高雄縣岡山區內的一個鄉，轄下有阿蓮、清蓮、和蓮、青旗、石安、崙頂、峰山、崗山、港後、復安、玉庫、中路等12村，到了民國67年（1978），崙頂村因住戶未滿200戶，被併入港後村，全鄉變為11村。然而到了民國71年（1982），阿蓮村因人口及住戶眾多，奉令分割為阿蓮、南蓮2村，於是阿蓮鄉又恢復轄下12村的情況。
臺灣光復以後，不少隨著軍隊來臺的大陸人士來台居住，這些新住民少數與本地人混居，但有不少人是集結聚居，形成一種隔離居住的形態，有的甚至引起嚴重的省籍衝突。在阿蓮復安村，也有一個「大陳新村」即是大陳義胞所居住的聚落，目前此聚落人口凋零，多數年輕人都搬遷，居住在外地。
民國99年12月25日因應國土與行政架構改革使得高雄縣與高雄市正式合併為高雄市，而將鄉改為區；村改為里。
阿蓮區現有(民國112年)人口27,409人，總戶數是9,512戶，光復初期（民國34年底，1945），阿蓮區人口才11236人、1804戶，78年來，人口明顯增加不少，聚落已發展成生活機能完備的中型鄉鎮。