阿蓮舊名為「阿嗹」，「阿嗹」地名由來有幾項說法。
第一種說法－本地最早住戶是在今中正路二巷的瓦廍，據傳一名土著途經該地，發現有人耕墾，乃上前招呼「阿嗹」，因而得名，原來「阿嗹」係土著稱呼「老兄」的譯音。
第二種說法－阿蓮鄉在未開拓前，到處都是芒果樹，阿烏成群，築巢樹間，鳥聲不絕，後來移民逐漸墾為耕地，以致阿烏難棲、紛飛而去，因此有「阿烏嗹去」的方言，因此稱為「阿嗹」。
第三種說法－在臺灣省新聞處出版的《臺灣地名沿革》記載，從本省一般地名旁附加口字者，多譯自土著族地名來看，「阿嗹」有可能是番社譯音，再從冠以阿字者多人名來看，或許取開墾者的名字為地名。
第四種說法－山海文化雙月刊報導：阿蓮或阿嗹地名乃是平埔族西拉雅語「Alien」(阿立安)的音譯漢字，「Ali」即是原居台南、高屏平原地區西拉雅族的崇拜祖靈「阿立祖」，而「en」的西拉雅語意是「所在地」，因此「Alien」正是平埔族西拉雅人的「阿立祖神所在地」。
簡炯仁則研究認為，阿蓮鄉的古地名其實並不是如《臺灣地名沿革》及《阿蓮鄉志》所載的「阿嗹」，而是﹝雍正5-12年臺灣輿圖﹞所標示的「呵嗹庄」，一般而言，臺灣地名如音譯自當地原住民，不是直接找個同音的漢字，就是取個同音的漢字，然後在該漢字的左邊再加上「口」字旁，以示借用口字右邊漢字的讀音。
「呵嗹庄」的「呵嗹」，在漢文文義上毫無意義，顯係音譯於當地的「番社」地名，換言之，現今阿蓮鄉在漢人拓墾前，該地以「番名」漢譯稱為「呵嗹」，或可能當地曾住有一個「呵嗹庄」，不管是曾名之為「呵嗹」，或曾為「呵嗹庄」的故地，都與當地的平埔族部落有關。
民國35年為配合行政區域調整，阿蓮鄉公所鄉務會議決議命名為「阿蓮」。
民國99年12月25日因應國土與行政架構改革使得高雄縣與高雄市正式合併為高雄市，而將鄉改為區；村改為里。
阿蓮區現有12里，12里的地名沿革列述於後：
| 里別 |
地名沿革 |
| 阿蓮里 |
清雍正年間，「阿嗹」之地名即已出現，到了清光緒年間則被編入鳳山縣嘉祥外里。光緒21年（1895），後寮庄併入阿嗹庄，瓦廍、倉官亦於民國8年併入。民國35年，行政區域重新調整，阿嗹庄分割為阿蓮、清蓮、和蓮三村。民國71年（1982）本村因人口激增，戶數增加，奉令分割為阿蓮、南蓮兩村，兩村以中正路為界。
本村東及東南為峰山村；西及西南與清蓮村以民生路為界；南接南蓮村以中正路為界；東北一小段與田寮鄉接壤；北與台南縣關廟鄉以二仁溪為界；西北接青旗村。 |
| 清蓮里 |
本村面積極小，東北臨阿蓮村，以民生路為界；東南鄰南蓮村，以中山路為界；西接和蓮村。因「清和宮」位於本區，故民國35年（1946）阿嗹庄重新劃分區域時，取「清和宮」之「清」和「阿蓮」之「蓮」命名為「清蓮村」。 |
| 和蓮里 |
本村東接清蓮村，東南臨南蓮村中山路，東北與清蓮村相毗連，西與港後村以舊台糖鐵道為界，北接青旗村。民國35年（1946）阿嗹庄重新劃分區域時，取「清和宮」之「和」和「阿蓮」之「蓮」命名為「和蓮村」。 |
| 南蓮里 |
民國35年（1946），阿嗹庄分割為阿蓮、清蓮、和蓮三村。之後，阿蓮村人口激增，戶數增加，遂於民國71年（1982），劃分為南、北兩村，中正路以北，因鄉公所、阿蓮國中小等學校行政機關皆在此區，故仍名阿蓮村，中正路以南，取名為「南蓮村」。本村東臨峰山村，西以中山路與清蓮村為鄰，南接崗山村，北與阿蓮村以中正路為界。 |
| 青旗里 |
舊名「青旂甲」，相傳永曆15年，明鄭成功入台，行屯田之法，其手下將領在此插旗為社，旗為青旗，因而得名。日治大正8年（1919），街庄社長區域改正，併入石案潭庄。昭和16年（1941），又自石案潭庄分出，直至光復後民國35年（1946），阿蓮鄉公所成立，行政區域重新調整，於是更名為青旗村。
青旗村東南兩面與阿蓮、清蓮、和蓮及港後四村接壤，西連石安村，北以二仁溪與台南縣關廟鄉為界。 |
| 石安里 |
石安村原名「石燕潭」，傳說古時此地有一潭，潭周圍多岩石，岩石縫間築有許多燕巢，鄭氏軍隊至此開墾，即以此潭之特色，命名為「石燕潭」。另一則傳說則是此地岩石甚多，鄭氏屯田於此，開墾後土質鬆軟，每踩入必陷及膝，故名「石爛田」，後因口傳產生語音之誤，而變成「石燕潭」。
日治大正8年（1919），街庄社長區域改正，青旂甲被併入石燕潭，改名為「石案潭」，光復後民國35年（1946），行政區域重新調整，石案潭又改名為石安村。
石安村東接青旗，西連中路，南與港後村之崙頂相毗連，北與台南縣關廟鄉以二仁溪為界。 |
| 中路里 |
阿蓮鄉內之地名，自古至今地名未曾變更的唯有中路。相傳在明鄭成功屯田於此之前，此地即有馬路一條，明兵來此，在路兩旁斬茅為屋，因而得名「中路」。
中路地區在清光緒年間原有兩村－窰仔甲和中路，日治大正八年（1919），將窰仔甲併入中路而統稱中路庄，直到民國35年，庄改成村，是為今日之中路村。 |
| 港後里 |
港後的意思是「檳榔港之後」，「檳榔港」就是今日之中甲圳。
相傳明永曆年間，吳致雨跟隨鄭成功來台，首先在此落戶，取名「致雨庄」。到了清康熙年間，「檳榔港」南邊產生了幾個聚落：竹仔尾、六甲尾、中甲、嘉棠腳，北邊則為「致雨」和崙仔頂等部落。當時，「檳榔港」南岸的居民往返「致雨庄」皆需渡過「檳榔港」，故中甲、六甲尾、竹仔尾等庄民一致稱「致雨庄」為「港仔後」，久而久之，「港仔後」竟取代了「致雨庄」而得名。
日治大正8年（1919）， 區域改正將嘉棠腳、中甲、六甲尾、竹仔尾、港仔後、崙仔頂併為「崙仔頂庄」，之後竹仔尾人亡莊毀、六甲尾棄莊他遷、嘉棠腳也相繼沒落，6個聚落僅存3個。光復前，崙仔頂獨立成庄，中甲和港仔後設為「港仔後」。民國34年（1945），港仔後改為「港後村」，崙仔頂改為「崙頂村」。
民國66年（1977），政府發展社區，崙頂、港後兩村聯合推展建設，名為「崙港社區」，隔年，崙頂村因住戶未滿200戶，奉令被裁併入港後村，是以，港後村含括中甲、港後、崙頂三個聚落。 |
| 峯山里 |
峰山之名乃是因此區位於大崗山北麓高處尖峰地形及崗山頭之意而命名。然而峰山之名並未出現在史籍上，是在民國35年（1946），阿蓮鄉公所成立時，峰山村之名才首次出現。
其實，在峰山村境內的「北仔寮」應是此地最早的地名。光緒21年（1895），日本據台，北仔寮即是台南縣鳳山支廳阿嗹區役場轄下的一庄。北仔寮名之由來，相傳係位於岡山營北邊之草寮而得名（另一說是大崗山之北）。
日治大正8年（1919），北仔寮與岡山營、陂仔尾三庄併稱為「岡山營庄」，民國35年（1945），岡山營才又分割為峰山、崗山二村。
本村被省道28號劃分為峰南、峰北兩區，現由北仔寮、大埤及部份崗山頭等聚落合併而成，崗山頭乃因大崗山之起點而得名。 |
| 崗山里 |
崗山村位於大崗山中段西麓，乃昔日岡山營、陂仔尾和已廢庄的嘉棠腳合併而成。岡山營早在明鄭成功部將在此屯兵開墾時即已出現，當時在今九鬮附近設置「岡山營」，乃以「大岡山下之軍營」而名。
最初，岡山營與陂仔尾、嘉棠腳、中甲、六甲尾被劃進五甲尾區內，後於日治明治33年（1900），因實施街庄社長及管轄區域變更時，才改編入阿嗹區役場。日治大正8年（1919），北仔寮與岡山營、陂仔尾三庄併稱為「岡山營庄」，民國35年（1945），岡山營才又分割為峰山、崗山二村。 |
| 復安里 |
復安舊名「九鬮」，民國35年（1946）阿蓮鄉成立，當地士紳林日新因「九鬮」之「鬮」筆劃複雜，常為人所誤寫，提議改名，時值台灣光復，人民生活安定，於是改名為「復安」。
九鬮地名的由來，據傳係當年屯田之時，為分配墾地，採「抓鬮」（抽籤）的方式決定，而此地是第九個鬮抽中，於是取名為「九鬮」。
復安村內有一地名「穎源」，位於大崗山山麓，此地原名「白崩坪」或「白板坪」。此地雖早有人跡，卻一直沒有命名，民國48年（1959），一次大雷雨擊中山峰上一塊大岩石，岩石崩潰一半，於是以此取名為「石崩坪」，後因口誤而變成「白崩坪」或「白板坪」。直至民國64年（1975），村人集合商議，通過陳城所提議的「穎源」為名，比喻地靈人傑之意。 |
| 玉庫里 |
昔名「那拔林」，「那拔」是蕃石榴之台語發音。相傳早年此地開墾時，有蕃石榴一大片，故以「那拔林」為此地命名。後來，「那拔林」變成「土庫」，至於「那拔林」是如何變成「土庫」的，目前無從稽考，只知清光緒年間仍名「那拔林」，到了日據大正9年（1920），「土庫」之名就出現了。
民國35年（1946），阿蓮鄉區域調整，將土庫改名為「玉庫村」，但部份土庫的聚落卻被劃在復安村境內。 |